Linux Mint の「ソフトウェアの管理」（mintinstall）は Flatpak アプリケーションもインストールできるようになっているのですが、デフォルトのインストールタイプ？が user ではなく system に設定されているようです。
$ flatpak list -v F: No installations directory in /etc/flatpak/installations.d. Skipping F: Opening user flatpak installation at path /home/xxxxxx/.local/share/flatpak F: Opening system flatpak installation at path /var/lib/flatpak Ref Options org.gnome.Lollypop/x86_64/stable system,current org.freedesktop.Platform.GL.default/x86_64/19.08 system,runtime org.gnome.Platform/x86_64/3.34 system,runtime org.gtk.Gtk3theme.Arc-Darker/x86_64/3.22 system,runtime org.gtk.Gtk3theme.Mint-Y-Aqua/x86_64/3.22 system,runtime
そうすると、Flatpak アプリケーションは /var/lib/flatpak にインストールされて行き、/ ファイルシステムの空き容量がグングン減って行ってしまうわけです。
試しに /var/lib/flatpak をシンボリックリンクに変更して、実体は /home に置いてみたのですが、場所の移動はできたものの Linux Mint のメニューから起動できなくなってしまいました。
※メニューに自分で登録すれば良いのかも
メニューに登録されないとアプリケーションの起動が面倒なので、この案はやめにしました。
そしてたどり着いたのがこの方法です。
まずは既存の Flatpak アプリケーションを「ソフトウェアの管理」を使用して全て削除します。
次に以下のコマンドで Flatpak 資源を削除します。
flatpak uninstall --unused
更に次のコマンドで Flatpak のリモートサイト設定を削除します。
flatpak remote-delete flathub
最後に、新たなリモートサイト設定を追加します。
flatpak remote-add --if-not-exists --user flathub https://flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
これで設定は完了です。試しに Lollypop をインストールしてみます。
flatpak install --user flathub org.gnome.Lollypop
コマンドで確認してみます。
$ flatpak list -v F: No installations directory in /etc/flatpak/installations.d. Skipping F: Opening user flatpak installation at path /home/xxxxxx/.local/share/flatpak F: Opening system flatpak installation at path /var/lib/flatpak Ref Options org.gnome.Lollypop/x86_64/stable user,current org.freedesktop.Platform.GL.default/x86_64/19.08 user,runtime org.gnome.Platform/x86_64/3.34 user,runtime org.gtk.Gtk3theme.Arc-Darker/x86_64/3.22 user,runtime
大成功です。
ただし、「ソフトウェアの管理」からは Flatpak アプリケーションがインストールできなくなってしまいます。それでも、Linux Mint のメニューにはアプリケーションが登録されますので、個人的にはまったく問題ありません。